И империя начала преследования христиан, требуя от них терпимости. Христиан ослепляли, требуя от них «широты взглядов». Христиан запрещали, требуя: «запрещено запрещать! не смейте своим адептам запрещать молиться нашим богам!»
Христиане же предложили различать терпимость идейную и терпимость гражданскую. У людей должно быть право на несогласие, на дискуссии, на резкую оценку противоположных взглядов. Но государству не следует вмешиваться в эти споры — ибо «по человеческому праву каждый может почитать то, что он хочет… и одной вере не свойственно притеснять другую, так как жертвы требуются от духа волящего» (Тертуллиан. Послание к Скапуле. 2). Как позднее скажет русская поговорка: «Невольник — не богомольник»… «Не убивая врагов своей религии можно ее защитить, а умирая за нее. Если вы думаете служить ей, проливая кровь во имя ее, усиливая пытки, вы ошибаетесь. Ничто не должно быть так свободно, как исповедание веры» (Лактанций. Божественные установления. 5, 20).
Этот опыт гонений очень важен для истории и самопонимания христианства: придя к власти, христиане к сожалению, быстро забыли свои собственные призывы к веротерпимости. Всего через 60 лет после соединения христианства с государственной властью Римской империи произошла первая казнь еретика
Но все же для столь консервативного института, как Церковь, было невозможно полностью забыть суждения древнейших святых Отцов, восстававших против любого насилия в области религии. И поэтому полемика о том, должно ли государство признавать свободу совести, вспыхивала вновь и вновь — и причем даже «диссиденты» могли использовать общеавторитетные христианские источники (сторонники свободы совести ссылались на Евангелие и древнейшие христианские авторитеты поры Церкви Гонимой; противники — на Ветхий Завет и на позднейшие примеры времен Церкви Господствующей).